PHPに限りませんが、CMSやCGIで大活躍のスクリプトは、扱いを間違えると大惨事になります。外部から乗っ取られ、サイトを改竄され、個人情報を盗まれ、犯罪に利用される。要するに家の鍵を開けたまま放置するようなものです。少し考えただけでもぞっとします。サイトの人気有無に関わらず、外部に露出しているスクリプトは、常にその危険に晒されていると思ってください。油断していると痛い目に遭います。
主な脆弱性について、上記ページが非常に読みやすく纏まってたので紹介します。例も交えて分かりやすいです。
脆弱性は3つ register_globals = On の危険性(php) GET・POST・COOKIEの汚染(SQLインジェクション、改竄) クロスサイトスクリプティング(XSS)
少しでも気にとめていれば防げる事です。開発者の人はご注意を。