ProFTPのfroftpd.confに帯域制限の設定を入れる実験をしてみました。記述方法は以下の感じ。inetd経由でも機能するようです。

TransferRate RETR 5.0:1024 group !wheel

上記設定では、ダウンロードの速度をwheelグループ(管理者)以外は5kb/secに制限、但し1024byteまでは不問とすることになります。これ以外の設定方法には、Linuxのシステムのほうでポートの帯域を絞ると言うのが考えられるかと思います。