先日、我がWindows Vista x64の環境をJava SE 6 Update 3からJava SE 6 Update 5にアップデートしました。するとFirefoxでJAVA appletが起動したときにフリーズするではないか!そこでサクッと解決策をご紹介します。
[スタート]-[コントロールパネル]からJAVAの設定ダイアログを表示してください。[Java コントロールパネル]-[基本]-[ネットワーク設定]ボタンを押します。プロキシを使用している人は、[プロキシサーバを使用]を選んで直に設定を書き込んでください。

[ネットワークプロキシ設定]の[ブラウザの設定を使用]を[直接接続]に変更。これでFirefoxでJAVA appletが起動してもフリーズしなくなります。

ちなみに、Windows Vista x64をお使いの場合は、Update 5にするとコントロールパネルから設定画面にアクセスで出来なくなっています。IEでJAVA appletの存在するページを開き、タスクトレイにJAVAアイコンを表示させてください。このアイコンを右クリックすることにより設定画面に辿り着けます。別の方法としては、エクスプローラから設定ダイアログである"{JAVA_HOME}\bin\javacpl.exe"を直接起動すること。大半の環境では"C:\Program Files(x86)\Java\jre1.6.0_05\bin\javacpl.exe"になっていると思います。これは既知の問題点として報告されているようですが修正される見込みは薄そうです。
After completing Java 32-bit Installation on Vista 64 bit, Java Control Panel will not be there (Sun Developer Network)
最近ではJAVAと言えばEclipseやOpenOffice.orgのようなオフラインアプリケーションにだけ使われている印象が強いです。FLASHが台頭してブラウザでappletが起動することも少なくなりましたね。今回の件に気づくのが遅れたのは無理もありません。
2008年05月29日追記
Java SE 6 Update6以降でフリーズ問題が解決しています。Java.comから最新版をダウンロードして下さい。また、VIsta x64で表示されなかったコントロールパネルも復活しました。[スタート]-[コントロール パネル]-[プログラム]からアクセス可能です。